Biggenkruid (Hypochaeris) Het Biggenkruid is een geelbloeiende composiet die groeit op open plekken, vaak in bermen, ook in graslanden en dus weides. Het rozet kan men door voelen snel herkennen want het blad doet de naam eer aan. Het voelt net als een biggenhuidje ruw aan.

De bloem van het Biggenkuid heeft alleen lintbloemen, dus er zit geen hartje van buisbloemen in het midden.

Boerenwormkruid (Tanacetum vulgare) wordt vaak verward maar is geen Kruiskruid. Het blad van Boerenwormkruid bestaat als het ware uit veel aparte blaadjes die recht tegenover elkaar staan en zo een soort veer vormen (zie foto 4). Bij Jakobskruiskruid is het één groot blad met een nerf en een bladsteel waarbij de insnijdingen van de bladrand niet tot aan de middennerf komen.

De bloemhoofdjes van Boerenwormkruid hebben géén krans van lintbloemen. Ze zien eruit als een soort gele knoopjes (zie foto 1). De plant verspreidt na kneuzing een kamfer-achtig geurtje.

Het rozet van Bijvoet (Artemisia vulgaris) wordt vaak verward met het rozet van Jakobskruiskruid. De bladeren zijn vederig en diep ingesneden. De bovenkant is donker groen. De onderkant is witviltig en behaard.
Bijvoet bloeit van augustus tot september met roodbruine of gele bloemen. De bloemen zijn vrij klein en staan in lange smalle trossen aan de top van de stengel. De stengel is vaak rood/paars aangelopen.

Het Groot Streepzaad heeft net als het Biggenkruid alleen lintbloemen, ook bij deze plant zit er dus in het midden van de bloem geen hartje. Wanneer de bloem vers is kan er hierover verwarring ontstaan doordat de lintbloemen in het midden later volledig open gaan.

In Nederland komen een aantal verschillende Melkdistels voor. Een kenmerk wat ze allemaal gemeen hebben en Jakobskruiskruid niet heeft is het witte melksap. Wanneer je een stukje van de plant afbreekt zal er snel wit sap uit de wond komen (zie foto 2).

Sint-Janskruid (Hypericum perforatum) Het Sint-Janskruid is geen composiet en de bloem ziet er bij nader bestudering wel degelijk anders uit dan Jakobskruiskruid. Het Sint-Janskruid heeft maar 5 bloemblaadjes (kroonblaadjes). In het midden van de bloem vindt men de meeldraden die als gele spelden omhoog steken (zie foto 1). De blaadjes zijn erg klein (1 tot 2 cm) en staan bijna altijd in paren tegenover elkaar aan de stengels (zie foto 2).

De stinkende gouwe (Chelidonium majus) wordt ook wel eens verward met Jakobskruiskruid, vooral als ie nog niet bloeit. Stinkende gauwe bevat oranje-geel melksap (foto 1) en groeit vooral langs heggen en op ruige plaatsen. Als je goed kijkt zie je dat de stengel wat behaard is. (foto 4) De plant heeft als ie bloeit kleine gele bloemetjes, twee tot zes bloemen vormen een los scherm, dat van mei tot in de herfst bloeit.